Decyzję o karze podjął prowincjał Polski Południowej Jezuitów, ksiądz Krzysztof Dyrek. W ramach sankcji, poza przeniesieniem do kolegium jezuickiego w Kłodzku, zakonnik otrzymał od przełożonego upomnienie i zakaz wypowiadania się dla mediów. Krzysztof Mądel jest już drugim jezuitą usuniętym w ostatnim czasie z Krakowa. Wcześniej podobne sankcje dotknęły księdza Andrzeja Miszka. Wtedy prowincjał Krzysztof Dyrek uzasadniał, że ani ksiądz Miszk, ani ksiądz Mądel nie byli upoważnieni do zajmowania się lustracją w zakonie jezuitów.